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이에 사고 당일인 10월 21일 이원종 서울시장은 경질됐다. 당시는 서울시장이 직선 아닌 관선직이었다. 후임시장인 우명규 시장도 성수대교 건설 당시 책임자였던 사실이 드러나 자진 사퇴했다. 당시 이영덕 국무총리도 사고 당일 사의를 표명해 같은 해 12월 물러났다.
동아건설과 서울시 관계자들 총 17명은 업무상 과실치사죄 등으로 기소됐다. 1심에서는 무죄, 집행유예 등이 선고됐으나 항소심에서 신동현 동아건설 현장소장, 여용원 전 서울시 동부건설사업소장에 각 금고 2년, 금고 1년 6월형이 확정됐다. 김석기 서울시 공사감독관 등 나머지 피고인들 역시 항소심에서 금고 1~3년형 또는 징역 10월~1년 6월에 집행유예 1~5년형이 확정됐다.
수사 끝에 검찰은 총 25명을 기소했으며 이들은 전원 유죄 판결을 받았다. 이준 회장은 업무상 횡령, 업무상 과실치사 혐의로 대법원에서 징역 7년 6월형이 확정됐다. 이충우 구청장, 황철민 서울시 교육원장은 각각 징역 10월에 추징금 300만원, 징역 10월에 추징금 200만원을 선고 받았다.
2014년 세월호 침몰 사고에서도 당시 세월호 선장을 비롯한 선박 관계자들은 퇴선 명령을 제대로 하지 않고 구조 활동과 주의 및 보조 의무를 다하지 않았다. 이에 선박 관계자와 세월호 선사 청해진해운 등이 법정에 넘겨졌다.
이준석 세월호 선장은 이듬해 1심에서 징역 36년형을 선고받았고, 2심과 3심에서는 살인 혐의가 유죄로 인정돼 결국 무기징역형이 확정됐다. 항해사와 조타수, 기관장 등도 징역 5~12년형이 확정됐다. 김한식 청해진해운 대표이사는 징역 7년형을 선고받았다. 미흡한 초동 조치로 비판받았던 당시 목포해경 123정의 김경일 정장은 업무상 과실치사 혐의로 징역 3년형이 확정됐다. 김석균 전 해경청장은 1심에서 업무상과실치사 혐의에서 무죄 판결을 받았으며, 다음달 예정된 2심 결과를 기다리는 중이다.